ಕೊಟ್ಟಾರಕ್ಕರಕ್ಕೆ ತನ್ನದೇ ಆದ ವಿಮಾನ ನಿಲ್ದಾಣ ಇಲ್ಲ. ಈ ಚಿಕ್ಕ ಪಟ್ಟಣಕ್ಕೆ ಸಮೀಪದ ವಿಮಾನ ನಿಲ್ದಾಣ ತಿರುವನಂತಪುರಂ ಇಂಟರ್ನ್ಯಾಷನಲ್ ಏರ್ಪೋರ್ಟ್. ಇಲ್ಲಿಂದ 70 ಕಿ.ಮೀ. ದೂರದಲ್ಲಿದೆ. ದೇಶದ ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರಮುಖ ನಗರಗಳಿಂದ ಇಲ್ಲಿಗೆ ವಿಮಾನ ಸಂಪರ್ಕ ಇದೆ. ಬೆಂಗಳೂರು, ದಿಲ್ಲಿ, ಚೆನ್ನೈ, ಮುಂಬಯಿ, ಹೈದ್ರಾಬಾದ್ಗಳಿಂದ ವಿಮಾನಗಳು ನಿರಂತರವಾಗಿ ಆಗಮಿಸುತ್ತವೆ. ವಿಮಾನದಲ್ಲಿ ಬಂದವರು ನಂತರದ ಪ್ರಯಾಣಕ್ಕೆ ಟ್ಯಾಕ್ಸಿಗಳನ್ನು ಪಡೆದು ಕೊಟ್ಟಾರಕ್ಕರವನ್ನು ತಲುಪಬಹುದು.