ಮಥುರಾ ರೈಲು ನಿಲ್ದಾಣ ಮಹಾನಗರಗಳಾದ ದಿಲ್ಲಿ, ಚೆನ್ನೈ, ಮುಂಬೈ ಮುಂತಾದ ನಗರಗಳಿಂದ ಬರುವ ಪ್ರಯಾಣಿಕರಿಗೆ ಮುಖ್ಯ ಜಂಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ದಿಲ್ಲಿಯಿಂದ ಮಥುರಾಗೆ ಶತಾಬ್ದಿ ಎಕ್ಸ್ ಪ್ರೆಸ್, ಕೊಲ್ಕತಾದಿಂದ ತೂಫಾನ್ ಎಕ್ಸ್ ಪ್ರೆಸ್, ಚೆನ್ನೈನಿಂದ ಜಿಟಿ ಎಕ್ಸ್ ಪ್ರೆಸ್ ಸತತವಾಗಿ ಸಂಪರ್ಕ ಕೊಂಡಿಯಾಗಿವೆ.