ಮಲಯತ್ತೂರಿಗೆ ಸಮೀಪವಿರುವ ರೈಲ್ವೆ ಜಂಕ್ಷನ್​ ಎಂದರೆ, ಎರ್ನಾಕುಲಂ. ಭಾರತದ ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರಮುಖ ನಗರಗಳಿಂದ ಇಲ್ಲಿಗೆ ರೈಲು ಸಂಪರ್ಕವಿದೆ. ಕೇರಳದ ಬಹುತೇಕ ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರಮುಖ ನಗರಗಳಿಂದ ಇಲ್ಲಿಗೆ ನಿರಂತರ ರೈಲುಗಳ ಸಂಪರ್ಕವಿದೆ. ರೈಲಿನ ಮೂಲಕ ಬರುವವರು ರೈಲ್ವೇ ಸ್ಟೇಷನ್​ನಿಂದ ಮಲಯತ್ತೂರಿಗೆ ಟ್ಯಾಕ್ಸಿ ಅಥವಾ ರಿಕ್ಷಾವನ್ನು ಬಾಡಿಗೆಗೆ ಪಡೆದು ಪ್ರಯಾಣಿಸಬಹುದು.