ರಾಜ್ಯಾದ್ಯಂತ ರೈಲು ಮಾರ್ಗಗಳು ವಿರಳವಾಗಿರುವುದರಿಂದ ಇಟಾನಗರಕ್ಕೆ ರೈಲಿನ ಮೂಲಕ ತಲುಪುವುದು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ. ಅತೀ ಸಮೀಪದ ರೈಲ್ವೆ ನಿಲ್ದಾಣವು ಅಸ್ಸಾಂನ ಹರ್ಮುತಿ ಯಲ್ಲಿದ್ದು, ಇದು ಇಟಾನಗರದಿoದ 32 ಕಿ. ಮೀ. ದೂರದಲ್ಲಿದೆ.