ಆಗುಂಬೆಗೆ ಹತ್ತಿರದ ವಿಮಾನ ನಿಲ್ದಾಣವೆಂದರೆ ಮಂಗಳೂರಿನ ಬಜ್ಪೆ ವಿಮಾನನಿಲ್ದಾಣ. ಇದು ಆಗುಂಬೆಯಿಂದ 106 ಕಿ.ಮೀ ದೂರದಲ್ಲಿದೆ.ಕೆಲವು ಮಧ್ಯ ಪ್ರಾಚ್ಯ ರಾಷ್ಟ್ರಗಳು ಮತ್ತು ಭಾರತದ ಕೆಲವು ನಗರಗಳಿಂದ ಇಲ್ಲಿಗೆ ವಿಮಾನ ಸೌಕರ್ಯವಿದೆ.