ವಾರಣಾಸಿಯಲ್ಲಿ ಎರಡು ಪ್ರಮುಖ ರೈಲು ನಿಲ್ದಾಣಗಳಿವೆ. ವಾರಣಾಸಿ ಜಂಕ್ಷನ್ ಮತ್ತು ನಗರದ ಪೂರ್ವದಲ್ಲಿ 15 ಕಿ.ಮೀ. ದೂರದಲ್ಲಿರುವ ಮುಘಲ್ ಸರೈ ಜಂಕ್ಷನ್ ಇದೆ. ವಾರಣಾಸಿಯಿಂದ ದೆಹಲಿ, ಆಗ್ರಾ, ಲಖನೌ, ಮುಂಬಯಿ ಮತ್ತು ಕೊಲ್ಕತ್ತಾಗೆ ಹಲವಾರು ದೈನಂದಿನ ರೈಲು ಸೇವೆಗಳಿವೆ.