ನೈನಿತಾಲ್ ನಿಂದ 71 ಕೀ. ಮಿ ದೂರದಲ್ಲಿರುವ ಪಟ್ನಾಗರ್ ವಿಮಾನ ನಿಲ್ದಾಣ, ಹತ್ತಿರದ ವಾಯುನೆಲೆಯಾಗಿದೆ. ಈ ವಿಮಾನ ನಿಲ್ದಾಣದಿಂದ ಆಗಾಗ್ಗೆ ಹೊರಡುವ ವಿಮಾನಗಳು, ದೆಹಲಿಯ ಇಂದಿರಾ ಗಾಂಧಿ ಅಂತಾರಾಷ್ಟ್ರೀಯ ವಿಮಾನ ನಿಲ್ದಾಣಕ್ಕೆ ಸಂಪರ್ಕ ಕಲ್ಪಿಸುತ್ತವೆ. ಜೊತೆಗೆ, ಇದು ಭಾರತದ ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರಮುಖ ಸ್ಥಳಗಳಿಗೆ ಸಂಪರ್ಕ ಕಲ್ಪಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ವಿಮಾನ ನಿಲ್ದಾಣದಿಂದ ನೈನಿತಾಲ್ ತಲುಪಲು ಟ್ಯಾಕ್ಸಿ ವಾಹನದ ಸೌಲಭ್ಯವಿದೆ. ಪ್ರವಾಸಿಗರು ನೈನಿತಾಲ್ ನಿಂದ 187 ಕಿ. ಮೀ ದೂರದಲ್ಲಿರುವ ಡೆಹ್ರಾಡೂನ್ ನ ಜಾಲಿ ಗ್ರಾಂಟ್ ವಿಮಾನ ನಿಲ್ದಾಣದ ಮೂಲಕವೂ ತಲುಪಬಹುದು. ನೈನಿತಾಲ್ ನಿಂದ 299 ಕಿ. ಮೀ ದೂರ ಇರುವ ಆಗ್ರಾದ ಖೆರಿಯ ವಿಮಾನ ನಿಲ್ದಾಣದ ಮೂಲಕವೂ ಪ್ರಯಾಣಿಕರು ನೈನಿತಾಲ್ ಗೆ ಭೇಟಿ ನೀಡಬಹುದು.