ಜೌನಪುರವು ಭಾರತದ ಎಲ್ಲ ಪ್ರಮುಖ ನಗರಗಳೊಂದಿಗೆ ಮೂರು ಮುಖ್ಯ ರೈಲು ನಿಲ್ದಾಣಗಳ ಮೂಲಕ ಸಂಪರ್ಕ ಹೊಂದಿದೆ: ಜೌನಪುರ ನಗರ ನಿಲ್ದಾಣ, ಷಹಗಂಜ್ ಜಂಕ್ಷನ್ ಮತ್ತು ಕೆರಾಕಟ್ ನಿಲ್ದಾಣ. ಇಲ್ಲಿಗೆ ದೆಹಲಿ ಮತ್ತು ಮುಂಬೈಗಳಿಂದ ನಿತ್ಯ ರೈಲುಗಳು ಪ್ರಯಾಣಿಸುತ್ತವೆ.