ವಾವರ ಮಂದಿರ ಶಬರಿಮಲೆಯ ಮತ್ತೊಂದು ಆಕರ್ಷಣೆಯಾಗಿದ್ದು ಈ ಸ್ಥಳದಲ್ಲಿ ಎರಡು ಬೇರೆ ಬೇರೇ ಮತಗಳ ಸಮ್ಮಿಳತವನ್ನು ಕಾಣಬಹುದು. ಈ ಮಂದಿರ ಮುಸ್ಲಿಂ ಸಂತ ವಾವರ ಸ್ವಾಮಿಗೆ ಅರ್ಪಿತವಾಗಿದೆ. ವಾವರ ಮಂದಿರ ಮುಖ್ಯ ದೇವಸ್ಥಾನದ ಬಳಿಯಲ್ಲಿಯೇ ಇದ್ದು ಹತ್ತಾರು ಐತಿಹ್ಯಗಳು ಅಯ್ಯಪ್ಪ ಸ್ವಾಮಿ ಮತ್ತು ವಾವರ ಸ್ವಾಮಿಗೆ ಸಂಬಂಧಪಟ್ಟಂತೆ ಪ್ರಚಲಿತದಲ್ಲಿವೆ. ವಾವರ ಸ್ವಾಮಿ ಅಯ್ಯಪ್ಪ ಸ್ವಾಮಿಯ ವಿರುದ್ದ ಹೋರಾಟಕ್ಕಿಳಿದು ಸೋಲುತ್ತಾನೆ. ಸೋತ ನಂತರ ವಾವರ ಅಯ್ಯಪ್ಪನ ಭಾವುಕ ಅನಯಾಯಿಯಾಗಿಬಿಡುತ್ತಾನೆ. ಅಲ್ಲೊಂದು ಕೆತ್ತಲ್ಪಟ್ಟ ಕಲ್ಲಿನ ಹಲಗೆಯಿದ್ದು ಅದು ವಾವರ ಸ್ವಾಮಿಯ ಸಂಕೇತವಾಗಿದೆ. ಮತ್ತು ಮಂದಿರದ ಒಳಭಾಗದಲ್ಲಿ ಹಳೆಯ ಕಾಲದ ಖಡ್ಗವೊಂದನ್ನು ಇಡಲಾಗಿದೆ. ಮುಸಲ್ಮಾನ್ ಮೌಲ್ವಿಗಳಿಂದ ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ ಆಚರಣೆಗಳು ನಡೆಯುತ್ತಿದ್ದು ಕಾಳು ಮೆಣಸು ಈ ದೇವರಿಗೆ ಪ್ರಿಯವಾದ ಕಾಣಿಕೆ. ಅಯ್ಯಪ್ಪ ದೇವಸ್ಥಾನಕ್ಕೆ ಭೇಟಿ ನೀಡುವ ಭಕ್ತರೂ ಇಲ್ಲಿಯೂ ಭೇಟಿಯಿತ್ತು ತಮ್ಮ ಸೇವೆಯನ್ನು ಅರ್ಪಿಸುತ್ತಾರೆ. ಎರಡು ಮತ ಮತ್ತು ಧರ್ಮಗಳು ವಾವರ ಮಂದಿರದಲ್ಲಿ ಸಮ್ಮಿಳತಗೊಂಡು ಶಬರಿಮಲೆ ಧಾರ್ಮಿಕ ಮತ್ತು ಮತೀಯ ಸಮಾವೇಶದ ಆದರ್ಶಪ್ರಾಯ ಕ್ಷೇತ್ರವನ್ನಾಗಿಸಿದೆ.