ಮಲಯತ್ತೂರು ಚರ್ಚ್ ಜಗತ್ಪ್ರಸಿದ್ಧ ಧಾರ್ಮಿಕ ಕೇಂದ್ರ. ಇದು ಮಲಯತ್ತೂರು ಗುಡ್ಡದ ಮೇಲಿದೆ. ಕಾಲದ ಪರಿವೆಯಿಲ್ಲದೇ ಭಕ್ತರು ಇಲ್ಲಿಗೆ ಆಗಮಿಸುತ್ತಾರೆ. ಐತಿಹ್ಯಗಳ ಪ್ರಕಾರ ಕ್ರೈಸ್ತ ಧರ್ಮದ ತತ್ವಗಳನ್ನು ಹರಡಲು ಸ್ವತಃ ಸೇಂಟ್ ಥಾಮಸ್ ಈ ಗುಡ್ಡದಲ್ಲಿನ ಚರ್ಚ್ಗೆ ಅಡಿಗಲ್ಲನ್ನಿಟ್ಟರು ಎಂದು ಹೇಳಲಾಗಿದೆ. ಶತಮಾನಗಳ ಹಿಂದೆ ಸೇಂಟ್ ಥಾಮಸ್, ಮೇರಿ ಕನ್ಯೆಯ ದೇವಾಲಯವನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಿದರು ಮತ್ತು ಇದೇ ಸ್ಥಳದಲ್ಲಿ ಈಗ ಚರ್ಚ್ನ್ನೂ ನಿರ್ಮಿಸಲಾಗಿದೆ. ಈ ಚರ್ಚ್ನ ರಚನೆಯು ಗ್ರೆಕೋ-ರೋಮನ್ ವಾಸ್ತುಶಿಲ್ಪ ಶೈಲಿಯಲ್ಲಿದೆ.
ಮಲಯತ್ತೂರು ಚರ್ಚ್ನ ಗೋಡೆಗಳ ಮೇಲೆ ಏಸು ಕ್ರಿಸ್ತನ ಐದು ಪವಾಡಗಳ ಜೊತೆಗೆ ಹಲವು ಚಿತ್ರಣಗಳನ್ನು ಕೆತ್ತಲಾಗಿದೆ. ಮಾರ್ಚ್ ಮತ್ತು ಏಪ್ರಿಲ್ನಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿವರ್ಷ ಇಲ್ಲಿ ಮಲಯತ್ತೂರು ಪೆರುನ್ನಾಲ್ ಎಂಬ ಹಬ್ಬವನ್ನು ಆಚರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮಲಯತ್ತೂರು ಚರ್ಚ್ನ ನೋಡುವುದರ ಜೊತೆಗೆ ಸಮೀಪದಲ್ಲೇ ಇರುವ ಮಾರ್ಥೋಮಾ ಮಂಡಪಂ, ಸನ್ನಿಧಿ, ಗೋಲ್ಡನ್ ಕ್ರಾಸ್ ಕಾರಂಜಿ, ಸೇಂಟ್ ಥಾಮಸ್ರ ಹೆಜ್ಜೆಗುರುತನ್ನು ನೋಡಬಹುದು. ಹಾಗೇ ಸೇಂಟ್ ಥಾಮಸ್ರ ಮೂರ್ತಿಯನ್ನೂ ಇಲ್ಲಿ ನೋಡಹುದು. ಕೊಚ್ಚಿಯಿಂದ ಚರ್ಚ್ಗೆ ಸುಮಾರು 45 ಕಿ.ಮೀ ದೂರ.