ಉಪಾರಕೋಟ್ ಜುನಾಗಡ್ ನ ಅತ್ಯಂತ ಹಳೆಯ ನಗರ ಮತ್ತು ಈ ಸ್ಥಳ ಮುಖ್ಯ ಕೇಂದ್ರ. ಇದು 2300 ವರ್ಷಗಳ ಹಿಂದೆ ನಿರ್ಮಿಸಿದ ಮೇಲಿನ ಕೋಟೆಯಾಗಿದೆ. ಇಲ್ಲಿನ ಕೆಲವು ಗೋಡೆಗಳು 20 ಮೀಟರ್ ನಷ್ಟು ಎತ್ತರವಿದೆ. ಇಲ್ಲಿನ ಗುಹೆಗಳನ್ನು ಕ್ರಿ ಶ 1 ರಿಂದ 4 ನೇ ಶತಮಾನದಲ್ಲಿ ನಿರ್ಮಿಸಿದ್ದು ಎನ್ನಲಾಗಿದೆ. ಈ ಕೋಟೆಯು ಸುಂದರವಾದ ಪ್ರವೇಶದ್ವಾರ, ಖಂಬಗಳು, ನೀರಿನ ಕೊಳ ಮತ್ತು ಒಂದು ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಹಾಲ್, ಧ್ಯಾನದ ಕೊಠಡಿ ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಮೊಸಳೆಗಳಿಂದ ತುಂಬಿದ್ದ 300 ಅಡಿಯ ಆಳವಾದ ಕಂದಕ ಇಲ್ಲಿದ್ದು ಮೊಸಳೆಗಳಿಂದ ತುಂಬಿತ್ತು ಎನ್ನಲಾಗಿದೆ. ಅಂದಿನ ಕಾಲದಲ್ಲಿ ಯಾವನೆ ಒಬ್ಬ  ಆಕ್ರಮಣಕಾರನು ಇಲ್ಲಿನ ಎತ್ತರದ ಗೋಡೆಯನ್ನು ಹತ್ತಿ ಒಳನುಗ್ಗಲು ಪ್ರಯತ್ನಿಸಿದರೆ ಮೊಸಳೆ ತುಂಬಿದ ಈ ಕಂದಕಕ್ಕೆ ಬೀಳಬೇಕಾಗಿ ಬರುತ್ತಿತ್ತು ಅಥವಾ ಮೇಲಿನ ಕೋಟೆಯವರ ವಶಕ್ಕೆ ಸಿಗಬೇಕಾಗುತ್ತಿತ್ತು.

ಕೋಟೆಯ ಪ್ರವೇಶ ಭಾಗದಲ್ಲಿ ಉಪಾರಕೋಟೆಯ ವಿವಿಧ ಆಡಳಿತಕಾರರ ಚಿನ್ಹೆಗಳನ್ನು ಕಾಣಬಹುದು ಮತ್ತು ಅಲ್ಲಿ ಗಣೇಶ,ಹನುಮಾನ್ ಮತ್ತು ಶಕ್ತಿ ದೇವಾಲಯಗಳಿವೆ.