ಹೆಸರೇ ಸೂಚಿಸುವಂತೆ, ಹುಮಾಯೂನ್ ಮಸೀದಿಯು, ಮೊಘಲ್ ಚಕ್ರವರ್ತಿ ಹುಮಾಯೂನ್ ನಿಂದ ಕಟ್ಟಲ್ಪಟ್ಟಿತು. ಏನೇ ಆದರೂ ಈತನು ತನ್ನ ತಂದೆ ಬಾಬರ್ ನಂತೆ ಓರ್ವ ಪ್ರಬಲ ಆಡಳಿತಗಾರನಾಗಿರಲಿಲ್ಲ. ಶೇರ್ ಷಾ ಸೂರಿ ಯಿಂದ ಪರಾಜಿತನಾದ ಈತ, ಹಿಂತಿರುಗುವಾಗ ಮಾರ್ಗಮಧ್ಯದಲ್ಲಿ ಒಂದು ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿ ತಂಗಿದ್ದು, ಅಲ್ಲಿಯೇ ಫೆರೋಜ್ ಷಾ ತುಘಲಕ್ ನು ಲ್ಯಾಟ್ ಇರುವ ಕೋಟೆಯನ್ನು ಕಟ್ಟಿಸಿದನು.
ಹುಮಾಯೂನನು ತನ್ನ ಶುಕ್ರವಾರದ ಪ್ರಾರ್ಥನೆಗಳನ್ನು ಇಲ್ಲಿಯೇ ಸಲ್ಲಿಸುತ್ತಿದ್ದು, ತರುವಾಯ ಈತನ ಗೌರವಾರ್ಥವಾಗಿ, ಇಲ್ಲಿ ಮಸೀದಿಯೊಂದನ್ನು ಕಟ್ಟಲಾಯಿತು. ಮಸೀದಿಯ ವಾಸ್ತುಶಿಲ್ಪವು ಮೊಗಲರ ಶೈಲಿಯನ್ನು ಅನುಸರಿಸಿದ್ದು, ಈ ಮಸೀದಿಯು 1526 ರಿಂದ 1556 ರವರೆಗಿನ 3 ದಶಕಗಳ ಅವಧಿಯಲ್ಲಿ ಪೂರ್ಣಗೊಂಡಿತು.
ಈ ಮಸೀದಿಯಲ್ಲಿ ಲಖೌರಿ ಇಟ್ಟಿಗೆಗಳಿಂದ ನಿರ್ಮಿಸಲಾದ ಪರದೆಯೊಂದಿದ್ದು, ಇದು ಪಶ್ಚಿಮ ದಿಕ್ಕಿಗೆ ಮುಖಮಾಡಿದೆ. ಇದರ ಉದ್ದೇಶವು ಪ್ರಾರ್ಥನೆಯನ್ನು ಸಲ್ಲಿಸುವವರಿಗೆ ಸರಿಯಾದ ದಿಕ್ಕನಲ್ಲಿ ಕುಳಿತುಕೊಳ್ಳಲು ಸೂಚಿಸುವುದೇ ಆಗಿದೆ. ಇಲ್ಲಿ ಮೆಕ್ಕಾದಲ್ಲಿರುವ ಕಾಬಾದ ದಿಕ್ಕನ್ನು ಸೂಚಿಸುವ ಒಂದು ಮೆಹ್ರಬ್ ಅಥವಾ ಕಮಾನು ಇದೆ. ಮೆಕ್ಕಾವು ಮುಸ್ಲಿಮರ ಅತ್ಯಂತ ಪವಿತ್ರ ಸ್ಥಳವಾಗಿದೆ.
ಹುಮಾಯೂನ್ ಮಸೀದಿಯು ಒಂದು ಅತ್ಯಂತ ಜನಪ್ರಿಯ ಇಸ್ಲಾಮೀ ಮಂದಿರವಾಗಿದ್ದು, ಶುಕ್ರವಾರಗಳಂದು ತಮ್ಮ ಪ್ರಾರ್ಥನೆಗಳನ್ನು ಸಲ್ಲಿಸಲು ಮುಸಲ್ಮಾನರು ಅಧಿಕ ಸಂಖ್ಯೆಯಲ್ಲಿ ಇಲ್ಲಿಗೆ ಆಗಮಿಸುತ್ತಾರೆ. ಇದೊಂದು ಅತಿ ದೊಡ್ಡ ಸ್ಮಾರಕವಾಗಿದ್ದು, ಒಂದೇ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಹಲವು ಸಾವಿರ ಜನರನ್ನು ಒಳಗೊಳ್ಳುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ.